안녕하세요?
전 아직 마닐라 방문한 적이 없지만, 세부 반타얀, 카모테스, 보홀 등에서 스쿠터 렌트 여행 경험이 있습니다.  그래서 도움이 되실지 모르겠지만, 몇 자 조언 드립니다. 참고만 부탁 드립니다. ^^
관광지에는 항구 주변에 오토바이 렌트 업체가 많이 있습니다. 저는 거기서 오토바이를 빌립니다. 그 외에 오토바이 판매, 수리하는 가계에서는 대부분 단기 렌트도 가능 한 것으로 저는 알고 있습니다. 묵으시는 호텔, 숙소에 문의해 보시면 근처의 렌트 업체를 안내해 주실 듯 합니다. 또는 택시 기사님도 잘 안내해 주실 듯...
운전 면허는 국제운전면허증 또는 영문운전면허증도 가능하구요, 오토바이 대여시 여권 확인하는 곳도 있었지만 보증금은 없었습니다. 사고 난 적이 없어서, 혹시 사고 발생 시 처리 방법이나 대응은 조언을 못 드리겠네요.
보통의 일제 스쿠터 대여 비용은 300-500 PHP / 24 hours(하루) 선에서 가능할 듯 하구요, 기종에 따라 고급 오토바이는 추가금이 있을 듯 합니다. 중국산 저가 스쿠터 대여는 피하시길 조언 드립니다.
도움이 되셨길 바라며, 즐겁고 안전한 여행 되세요.

저는 차를 빌려타고 다녔는데 원래는 오토바이 대형을 빌려타려고 했었습니다. 영어로 motorcycle rental Manila를 쳐 보시면  미국사람이 경영하는 렌트숍이 몇 개있고 400cc이상 중대형 바이크를 렌트해 주기는 하는데... 문제는 보험이 안된다는 거였어요. 만약 사고가 난다면 치료비나 수리비 일체를 개인부담해야해서 저는 아예 차를 빌렸습니다. 차는 보험을 살 수가 있거든요... 만약 바이크를 타시게되면 부디 조심하시기를....